Las estaciones, también llamadas “paraderos”, se encuentran ubicadas estratégicamente a lo largo de la línea del tren. Cada una de ellas contará con una capacidad para aproximadamente 3,000 personas. En la actualidad, existen 7 estaciones ubicadas desde Villa El Salvador hasta el Puente Atocongo, éstas serán completamente remodeladas antes de la puesta en marcha del tren. Asimismo, en la construcción actual hasta la Av. Grau, se construirán 9 estaciones más para todos los usuarios.

Cabe resaltar que las 16 estaciones contarán con las medidas adecuadas para discapacitados.